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- Sohn: Ferdinand Friedrich Baur (1825–1889), GND, Dr. phil.; Professor am Gymnasium zu Tübingen, zuvor am Realgymnasium in Stuttgart
- Schwiegersohn: Eduard Zeller (1814–1908), Theologe und Philosoph
- Symbolik und Mythologie oder die Naturreligion des Alterthums. 3 Bände. Metzler, Stuttgart 1824/1825
- Primae rationalismi et supranaturalismi historiae capita potiora: commentatio historico-theologica. Tubingae 1827–1828 UB Tübingen
- Festum Christi natal. a. 1829 ... pie celebrandum indicit Facultatis Evangelico-Theologicae Collegium interprete D. Ferd. Christ. Baur : Inest commentatio de orationis, habitae a Stephano Act. cap. VII., consilio, et de protomartyris huius in Christianae rei primordiis momento : Adduntur critica quaedam de loco Act. XXI.20. Tübingen 1829 MDZ München
- Feier des dritten Säkularfestes der Uebergabe der Augsburgischen Confession auf der Universität Tübingen. Predigt. Tübingen 1830 UB Tübingen
- Festum paschale a. 1831 in Academia Tubingensi pie celebrandum indicit Facultatis Evangelico-Theologicae Collegium interprete D. Ferd. Christ. Baur : Inest commentatio de Ebionitarum origine et doctrina ab Essenis repetenda. Tübingen 1831 MDZ München = Google
- Epistola gratulatoria ad D. Theophilum Jacobum Planck : in alma Gotting. Univ. Professorem Theol. Primar. ... Idibus maii anni vitae L. per annos publicis in muneribus peractae solennia celebrantem : Addita est brevis disquisitio in Andreae Osiandri de iustificatione doctrinam, ex recentiore potissimum theologia illustrandam. Tubingae 1831 MDZ München
- Der Gegensatz des Katholicismus und Protestantismus nach den Principien und Hauptdogmen der beiden Lehrbegriffe. Mit besonderer Rücksicht auf Herrn Dr. Möhler’s Symbolik. Fues, Tübingen 1834 UB Tübingen, 2. vermehrte Auflage, 1836 Internet Archive = Google, UB Tübingen
- Erwiederung auf Herrn Dr. Möhler’s neueste Polemik gegen die protestantische Lehre und Kirche in der Schrift: Neue Untersuchung der Lehrgegensätze zwischen den Katholiken und Protestanten. Fues, Tübingen 1834 Internet Archive = Google
- Festum pentecostes anno MDCCCXXXIV. in Academia Tubingensi pie celebrandum publico nomine indicit Facultatis Evangelico-Theologicae Collegium, interprete D. Ferdinando Christiano Baur : Comparatur Eusebius Caesariensis, historiae ecclesiasticae parens, cum parente historiarum, Herodoto Halicarnassensi. Tübingen 1834 MDZ München = Google
- Thomas M’Crie: Geschichte der Ausbreitung und Unterdrückung der Reformation in Spanien im 16. Jahrhunderte. Aus dem Englischen übers. und mit Anmerkungen begleitet von Gustav Plieninger. Nebst einer Vorrede von Dr. F. C. Baur. Brodhag, Stuttgart 1835 MDZ München = Google
- Abgenöthigte Erklärung gegen einen Artikel der evangelischen Kirchenzeitung. Fues, Tübingen 1836 MDZ München = Google
- Die christliche Lehre von der Versöhnung in ihrer geschichtlichen Entwicklung von der ältesten Zeit bis auf die neueste. Osiander, Tübingen 1838 Internet Archive = Google
- Ueber der Ursprung des Episcopats in der christlichen Kirche. Prüfung der neuestens von Hrn. Dr. Rothe aufgestellten Ansicht. Fues, Tübingen 1838 Internet Archive = Google
- Die christliche Lehre von der Dreieinigkeit und Menschwerdung Gottes in ihrer geschichtlichen Entwicklung. 3 Bände. Osiander, Tübingen 1841–1843
- Paulus, der Apostel Jesu Christi. Sein Leben und Wirken, seine Briefe und seine Lehre. Ein Beitrag zu einer kritischen Geschichte des Urchristentums. Becher & Müller, Stuttgart 1845 Internet Archive = Google
- Der Kritiker und der Fanatiker, in der Person des Herrn Heinrich W. J. Thiersch. Becher, Stuttgart 1846 Internet Archive = Google
- Kritische Untersuchungen über die kanonischen Evangelien, ihr Verhältniß zu einander, ihren Charakter und Ursprung. Fues, Tübingen 1847 MDZ München = Google
- Lehrbuch der christlichen Dogmengeschichte. Becker, Stuttgart 1847 MDZ München = Google, 2. neu bearbeitete und erweiterte Ausgabe, Fues, Tübingen 1858 MDZ München = Google
- Die Ignatianischen Briefe und ihr neuester Kritiker. Eine Streitschrift gegen Herrn Bunsen. Fues, Tübingen 1848 MDZ München = Google
- Das Christenthum und die christliche Kirche der drei ersten Jahrhunderte. Fues, Tübingen 1953 Internet Archive = Google
- An Herrn Dr. Karl Hase. Beantwortung des Sendschreibens "Die Tübinger Schule". Fues, Tübingen 1855 (Antwort auf Karl Hase: Die Tübinger Schule. Ein Sendschreiben. Leipzig 1855 UB Tübingen) MDZ München = Google, UB Tübingen
- Ansprache im evangelisch-theologischen Seminar und beim Eintritt der Blaubeurer Promotion. Mohr, Tübingen und Leipzig UB Tübingen
- Die Tübinger Schule und ihre Stellung zur Gegenwart. Fues, Tübingen 1859 MDZ München = Google, 2., neu durchgesehene und mit einigen Zusätzen vermehrte Auflage 1860 UB Tübingen
- Geschichte der christlichen Kirche, von der Entstehung bis auf die neueste Zeit. 5 Bände. Fues, Tübingen 1853–1863
- Vorlesungen über neutestamentliche Theologie. Fues, Leipzig 1864 Internet Archive
- Vorlesungen über die christliche Dogmengeschichte. Das Dogma der alten Kirche. 1: Von der apostolischen Zeit bis zur Synode in Nicäa. Hrsg. von Ferd. Fr. Baur. Fues, Leipzig 1865 MDZ München = Google
- Drei Abhandlungen zur Geschichte der alten Philosophie und ihres Verhältnisses zum Christenthum. Neu hrsg. von Eduard Zeller. Fues, Leipzig 1876 (Apollonius von Tyana und Christus – Das Christliche des Platonismus oder Sokrates und Christus – Seneca und Paulus) Internet Archive
- Über die geschichtliche Bedeutung der fünfundzwanzig Jahre 1816–1841. Rede 31. Oktober 1841. Tübingen 1877 UB Tübingen
- Wilhelm Dilthey (Pseudonym: Wilhelm Hoffner): Ferdinand Christian Baur. In: Westermanns Monatshefte. September 1865, S. 581–599 Google, auch in: Wilhelm Dilthey: Gesammelte Schriften. Band 4. Leipzig 1921, S. 403–432 Gallica
- Möhler, Johann Adam: Neue Untersuchungen der Lehrgegensätze zwischen den Katholiken und Protestanten: Eine Vertheidigung meiner Symbolik gegen die Kritik des Herrn Professors Dr. Baur in Tübingen, Mainz, 1834 UB Tübingen
- Friedrich Ueberweg: Die deutsche Philosophie des neunzehnten Jahrhunderts und der Gegenwart. Völlig neubearbeitet von Traugott Konstantin Oesterreich. Mittler, Berlin 1923, S. 203, 695 Internet Archive