Po wojnie we Włocławku: kanonik kapituły katedralnej, rektor seminarium i jednocześnie proboszcz w Kłobii i Zgłowiączkach, organizator i redaktor tygodnika „Ład Boży”, popularny kaznodzieja. 4 III 1946 mianowany biskupem ordynariuszem diecezji lubelskiej (święcenia biskupie 1946, Częstochowa). W 1947–48 wykładał na KUL (uruchomienie Wydziału Filozofii Chrześcijańskiej). 12 XI 1948, zgodnie z testamentem kardynała A. Hlonda, mianowany arcybiskupem gnieźnieńskim i warszawskim, prymasem Polski i — tym samym — przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski. Na przełomie lat 40. i 50. kierował pracami Prymasowskiej Rady Odbudowy Kościołów Warszawy. Ordynariusz na terenie Polski wiernych Kościoła greckokatolickiego i ormiańskiego, organizator polskich struktur kościelnych na ziemiach zachodnich i północnych; jako prymas posiadał specjalne uprawnienia Stolicy Apostolskiej dotyczące Kościoła w Polsce. Współzałożyciel i opiekun duchowy Instytut Świeckiego Pomocnic Maryi Jasnogórskiej (tzw. ósemki). W obliczu walki z Kościołem i coraz większych roszczeń totalitarnego państwa był zwolennikiem wypracowania
modus vivendi z komunistami — inicjatorem powołania (1949) Komisji Mieszanej Episkopatu i Rządu oraz współtwórcą (14 IV 1950) pierwszego w dziejach porozumienia pomiędzy katolickim Episkopatem a komunistycznym rządem, w którym Kościół za pewne koncesje (m.in. nieprzeciwstawianie się kolektywizacji wsi, potępienie zbrojnego podziemia) uzyskał potwierdzenie istotnych praw (np. do nauczania religii w szkołach, wydawania pism katolickich, utrzymania KUL). W sytuacji permanentnego łamania porozumienia przez komunistów Wyszyński ogłosił 8 V 1953 protestacyjny memoriał
Non possumus [łac., ‘nie możemy’]; pozbawiony przez władze państwowe prawa do pełnienia funkcji kościelnych i aresztowany 25 IX 1953, był więziony kolejno w: Rywałdzie, Stoczku Warmińskim, Prudniku i Komańczy. W areszcie pisał dziennik (
Zapiski więzienne, wydanie Paryż 1982, od 1983 wielokrotnie wznawiane w kraju poza cenzurą, od 1990 oficjalnie), opracował wiele ważnych inicjatyw duszpasterskich: Jasnogórskie Śluby Narodu (1956), Wielką Nowennę przed Millennium Chrztu Polski (1957–65) i nawiedzenie wszystkich polskich parafii przez kopię obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej. W czasie
październikowego przesilenia politycznego 1956 zwolniony z aresztu, powrócił do Warszawy. W XII 1956 doprowadził do zawarcia nowego, korzystnego dla Kościoła, porozumienia z władzami, na mocy którego m.in. w szkołach przywrócono naukę religii, uchylono dekret o obsadzaniu stanowisk kościelnych z 1953 i umożliwiono powrót biskupów na ziemie zachodnie i północne; Episkopat zobowiązał się do wsparcia władz państwowych w stabilizacji kraju.