Idi na sadržaj

C11orf54

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
C11orf54
Dostupne strukture
PDBPretraga ortologa: PDBe RCSB
Spisak PDB ID kodova

1XCR

Identifikatori
AliasiC11orf54
Vanjski ID-jeviOMIM: 615810 MGI: 1918234 HomoloGene: 8531 GeneCards: C11orf54
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 11 (čovjek)
Hrom.Hromosom 11 (čovjek)[1]
Hromosom 11 (čovjek)
Genomska lokacija za C11orf54
Genomska lokacija za C11orf54
Bend11q21Početak93,741,591 bp[1]
Kraj93,764,749 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 9 (miš)
Hrom.Hromosom 9 (miš)[2]
Hromosom 9 (miš)
Genomska lokacija za C11orf54
Genomska lokacija za C11orf54
Bend9|9 A2Početak15,194,633 bp[2]
Kraj15,217,744 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija vezivanje iona cinka
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
hydrolase activity
hydrolase activity, acting on ester bonds
vezivanje iona metala
Ćelijska komponenta Egzosom
jedro
nukleoplazma
nuclear body
Biološki proces metabolizam
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)
NM_001286067
NM_001286068
NM_001286069
NM_001286070
NM_001286071

NM_014039
NM_001351985
NM_001351986
NM_001351988
NM_001351989
NM_001351990
NM_001351991
NM_001351992
NM_001351993
NM_001351987
NM_001369406

NM_001199484
NM_001199485
NM_133732
NM_001359258

RefSeq (bjelančevina)
NP_001272996
NP_001272997
NP_001272998
NP_001272999
NP_001273000

NP_054758
NP_001338914
NP_001338915
NP_001338916
NP_001338917
NP_001338918
NP_001338919
NP_001338920
NP_001338921
NP_001338922
NP_001356335

NP_001186413
NP_001186414
NP_598493
NP_001346187

Lokacija (UCSC)Chr 11: 93.74 – 93.76 MbChr 9: 15.19 – 15.22 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Otvoreni okvir čitanja 54 hromosoma 11 (C11orf54) je protein koji je kod ljudi kodiran genom C11orf54.[5] Ljudski gen C11orf54. poznat je i kao PTD012 i PTOD12. C11orf54 eksprimira hidrolaznu aktivnost na p-nitrofenil acetatu i djeluje na esterske veze, iako sveukupna funkcija u naučnoj zajednici još uvijek nije u potpunosti shvaćena. Protein je visoko konzerviran, a najudaljeniji homolog nalazi se u bakterijama.[6]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 315 aminokiselina, a molekulska težina 35.117 Da.[7]

1020304050
MACAEFSFHVPSLEELAGVMQKGLKDNFADVQVSVVDCPDLTKEPFTFPV
KGICGKTRIAEVGGVPYLLPLVNQKKVYDLNKIAKEIKLPGAFILGAGAG
PFQTLGFNSEFMPVIQTESEHKPPVNGSYFAHVNPADGGCLLEKYSEKCH
DFQCALLANLFASEGQPGKVIEVKAKRRTGPLNFVTCMRETLEKHYGNKP
IGMGGTFIIQKGKVKSHIMPAEFSSCPLNSDEEVNKWLHFYEMKAPLVCL
PVFVSRDPGFDLRLEHTHFFSRHGEGGHYHYDTTPDIVEYLGYFLPAEFL
YRIDQPKETHSIGRD

C11orf54 se nalazi na hromosomu 11, sekvenca 11q21. Uobičajeni alijasi gena su PTD012 i PT0D12. Sastoji od 13 egzona i obuhvata 23730 bp. C11orf54 okružen je genima TAF1D i MED17.[6]

Gensko susjedstvo C11orf54

Proteinska ester-hidrolaza c11orf54 postoji kao monomer i sastoji se od 315 aminokiselina. Postoji šest izoformi C11orf54 (tabela 1).[6]

Tablala 1: Izoforme C11orf54

Varijanta Izoforma Dužina (bp) Pristupni broj
1 Izoforma a ester-hidrolaze C11orf54 2726 NM_001286067.1
2 Izoforma a ester-hidrolaze C11orf54 2589 NM_001286068.1
3 Izoforma a ester-hidrolaze C11orf54 2594 NM_001286069.1
4 Izoforma b ester-hidrolaze C11orf54 2444 NM_014039.3
5 Izoforma c ester-hidrolaze C11orf54 2442 NM_001286070.1
6 Izoforma d ester-hidrolaze C11orf54 2417 NM_001286071.1

[6]

Aminokiselinska sekvenca sadrži domen nepoznate funkcije 1907. U ovom transkriptu nalazi se motiv HxHxxxxxxxxxH koji koordinira cinkov ion uključen u hidrolaznu aktivnost.[8] Motiv LR gnijezda nalazi se na lys262 i arg263. Motiv gnijezda LR tvori vodikove veze između NH grupa i aniona; acetatni anion koordiniran je sa LR gnijezdom.[9]

Protein

[uredi | uredi izvor]

Primarna sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Tabela 2: Različite karakteristike proteinske sekvence kod ljudi i drugih ortologa[10]

Organizam Molekulska težina (kD) Izoelektrična tačka Aminokiseline visoke pristrasnosti Ponavljanja
Čovjek 35,1 5,9 F AEFS
Miš 35,0 5,9 H Nema
Trinaestoprugasta prizemna vjeverica 35,1 6,0 F,H PAEF
Gigantska panda 35,2 6,5 F PAEF

Sekundarna struktura

[uredi | uredi izvor]

Protein C11orf54 postoji kao monomer u otopini. Protein poprima globularni oblik od 20 beta niti i četiri alfa-heliks, koji sadrže po devet antiparalelnih beta-lanaca koji tvore područje beta-lista. Regija β-heliksa C11orf54 strukturno liči na domen vezanja cikličnog adenozina 3′, 5′-monofosfata (cAMP) regulatorne podjedinice protein-kinaze A. Ion cinka vezan je za motiv HxHxxxxxxxxxH koji se nalazi u sekvenci.[8]

Subćelijska lokalizacija

[uredi | uredi izvor]

Predviđa se da je C11orf54 lokaliziran 60,9% u citoplazmi, 21,7% u jedru, 13,0% mitohondrijama i 4,3% u Golgijevom aparatu.[11]

Ekspresija i posttranslacijske modifikacije

[uredi | uredi izvor]
Posttranskripcijska modifikacija proteina C11orf54[12][13]

Protein je visoko eksprimiran u bubrezima, a umjereno u nadbubrežnim žlijezdama, debelom crijevu, jetri, sjemenicima i štitnoj žlijezdi.[14]

Homologija

[uredi | uredi izvor]

Paralozi

[uredi | uredi izvor]

Nema paraloga za C11orf54.[5]

Ortolozi

[uredi | uredi izvor]

Protein ester-hidrolaza C11orf54 ima mnogo ortologa (vidi tabelu.) Vrlo je konzerviran (60-100% identiteta) kod sisara, gmizavaca, ptica i riba. Protein je umjereno konzerviran (30-59,99% identiteta) u beskičmenjaka, vodozemaca, knidarija, mehkušaca, gljiva i bakterija. Nije konzervijan u arhejama.[10] Najudaljenij ortolozi su kod bakterija. Na slici prikazano je neukorijenjeno filogenetsko stablo ortologa of C11orf54.[5]

Vrsta Uobičajeno ime Razred Pristupni broj Identitet (%) Datiranje divergencije (milioni godina)
Microtus ochrogaster Prerijska voluharica Mammalia XP_005346877.1 87,0 88
Chelonia mydas Zelena morska kornjača Reptilia XP_007069537.1 72,8 320
Xenopus tropicalis Zapadna kandžasta žaba Reptilia XP_007434894.1 70,9 320
Python bivittatus Burmanski piton Reptilia NP_001264206.1 73,4 320
Gallus gallus Obična kokoš Aves XP_009564677.1 72,5 320
Cuculus canorus Južna platiriba Actinopterygii XP_005800827.1 65,2 432
Xiphophorus maculatus Žirasta glista Enteropneusta NP_997781.1 62,4 432
Danio rerio Zebrica Actinopterygii XP_002738479.1 55,6 627
Saccoglossus kowalevskii Poluhordat Hemichordata XP_013785734.1 56,6 758
Limulus polyphemus Atlantski kopitasti rak Merostomata XP_012812415.1 55,1 353
Crassostrea gigas Pacifička ostriga Bivalvia XP_011412414.1 50,0 758
Tribolium castaneum Crvena brašnena buba Insecta XP_968861.1 49.0 758
Drosophila bipectinata Vinska mušica Insecta XP_017103988.1 46.0 758
Megachile rotundata Alfalfa listosjekačka pčela Insecta XP_003702672.1 44,8 758
Zymoseptoria brevis Gljiva Dothideomycetes KJX93246.1 36,5 1150
Cladophialophora carrionii Gljiva Dothideomycetes OCT48531.1 35,8 1150
Alternaria alternata Gljiva Dothideomycetes XP_018384285.1 36,2 1150
Candidatus Pelagibacter ubique Bakterija Bacteria WP_075504325.1 34,5 4090
Pelagibacteraceae bacterium Bakterija Bacteria OCW82973.1 34,1 4090

Funkcija

[uredi | uredi izvor]

Koordinacija C11orf54 sa ionom cinka preko tri histidina i acetatni anion vjerovatno ukazuju na funkciju proteinske enzimske reakcije kao ester-hidrolaze. Protein ima veliki broj fluktuacija kada reagira s p-nitrofenil acetatom (0,042 sec − 1) u usporedbi s brzinom fluktuacije od 1 sec − 1 koja se nalazi u drugom enzimu (goveđa karboanhidraza II), koji reagira s p -nitrofenil acetatom.[8]

Interaktivni proteini

[uredi | uredi izvor]
Naziv Skraćenica
Ubikvitin C UBC
Kolagen, tip IV, alfa 3 COL4A3
Interaktor 13 receptora tireoidnog hormona TRIP13
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp)-boksni polipeptidoliki 60 DDX60L
Glutamin-fruktoza-6-fosfat transaminaza 2 GFPT2
2-lika superubijska viralicidna aktivnost (S. cerevisiae) SKIV2L
Ubikvitin-aldehid vezujući domen OTU 1 OTUB1

[15]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000182919 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000031938 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c "Entrez Gene: C11orf54 chromosome 11 open reading frame 54".
  6. ^ a b c d "C11orf54". NCBI Gene. NCBI (National Center for Biotechnology Information).
  7. ^ "UniProt, Q9H0W9". Pristupljeno 18. 8. 2021.
  8. ^ a b c Manjasetty BA, Büssow K, Fieber-Erdmann M, Roske Y, Gobom J, Scheich C, Götz F, Niesen FH, Heinemann U (april 2006). "Crystal structure of Homo sapiens PTD012 reveals a zinc-containing hydrolase fold". Protein Science. 15 (4): 914–20. doi:10.1110/ps.052037006. PMC 2242484. PMID 16522806.
  9. ^ Langton MJ, Serpell CJ, Beer PD (2016). "Anion Recognition in Water: Recent Advances from a Supramolecular and Macromolecular Perspective". Angewandte Chemie International Edition. 55 (6): 1974–87. doi:10.1002/anie.201506589. PMC 4755225. PMID 26612067.
  10. ^ a b Subramaniam S (1998). "The Biology Workbench--a seamless database and analysis environment for the biologist". Proteins. 32 (1): 1–2. doi:10.1002/(SICI)1097-0134(19980701)32:1<1::AID-PROT1>3.0.CO;2-Q. PMID 9672036.
  11. ^ Briesemeister S, Rahnenführer J, Kohlbacher O (2010). "Going from where to why–interpretable prediction of protein subcellular localization". Bioinformatics. 26 (9): 1232–8. doi:10.1093/bioinformatics/btq115. PMC 2859129. PMID 20299325.
  12. ^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (1999). "Sequence and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006/jmbi.1999.3310. PMID 10600390.
  13. ^ Gupta R, Brunak S (2002). "Prediction of glycosylation across the human proteome and the correlation to protein function". Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing: 310–22. doi:10.1142/9789812799623_0029. ISBN 978-981-02-4777-5. PMID 11928486.
  14. ^ Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A, et al. (januar 2015). "Proteomics. Tissue-based map of the human proteome". Science. 347 (6220): 1260419. doi:10.1126/science.1260419. PMID 25613900. S2CID 802377.
  15. ^ Franceschini A, Szklarczyk D, Frankild S, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Lin J, Minguez P, Bork P, von Mering C, Jensen LJ (2013). "STRING v9.1: protein-protein interaction networks, with increased coverage and integration". Nucleic Acids Research. 41 (Database issue): D808–15. doi:10.1093/nar/gks1094. PMC 3531103. PMID 23203871.

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]

Vanjski linkovi

[uredi | uredi izvor]