Seurakunta perustettiin vuonna 2006 Kaustisen ja Ullavan seurakuntien yhdistyessä. Vuonna 2009 seurakunta liittyi Kokkolan seurakuntayhtymään, koska Ullavan kunta lakkautettiin ja liitettiin Kokkolan kaupunkiin.[3] Kaustinen oli itsenäistynyt seurakuntana vuonna 1866[4] ja Ullava vuonna 1912.[5]
Kaustisen ja Ullavan seurakunta kuuluu muun Keski-Pohjanmaan tavoin herätysliikkeiden maantieteelliseen kohtaamisalueeseen. Kaustisella vaikuttaa erityisesti evankelinen herätysliike, jonka pohjoiseen vaikutusalueeseen Kaustinen kuuluu.[6]