Naar inhoud springen

Codontabellen van DNA en RNA

Uit Wikipedia, de vrije encyclopedie
De standaard codontabel, weergegeven in cirkelvorm, met nucleotiden van het mRNA (gekleurd) in het midden, en de gecodeerde aminozuren aan de buitenkant

Een codontabel geeft weer hoe de genetische code in levende organismen vertaald wordt naar de twintig aminozuren, de bouwstenen van eiwitten.[1] De genetische code wordt gelezen in groepjes van drie opeenvolgende nucleotiden: zogenoemde codons. Gebruikelijk is om de nucleotidetriplets weer te geven zoals die voorkomen in het messenger-RNA (mRNA), omdat dit het molecuul is dat gelezen wordt om eiwitten te synthetiseren.[1] Als voorbeeld: het codon 'UGC' in mRNA codeert voor cysteïne, en het codon 'AUA' voor glutaminezuur.

Er zijn 4 × 4 × 4 = 64 mogelijke combinaties van nucleotiden, dus de codontabel heeft altijd 64 elementen. Daarvan coderen er 61 codons voor een aminozuur, en zijn er drie stopcodons (UAG, UGA en UAA) die het einde van het translatieproces signaleren. De synthese van een aminozuurketen begint op enkele uitzonderingen na altijd met AUG, het startcodon.[2] De genetische code kan ook worden weergegeven als een DNA-codontabel. Hierbij neemt men de nucleotidetriplets van de coderende DNA-streng, altijd van de 5'-naar-3'-richting.[3]

Niet ieder aminozuur komt overeen met één codon: veruit de meeste aminozuren worden door meerdere codons gespecificeerd. Er is dus sprake van redundantie in de genetische code.[4] Om erachter te komen welke triplets er allemaal mogelijk zijn die coderen voor een bekend aminozuur, kan men gebruikmaken van de omgekeerde codontabel. Ook deze tabellen zijn in dit artikel opgenomen.

Codontabellen

[bewerken | brontekst bewerken]

Standaard codontabel

[bewerken | brontekst bewerken]

Codontabellen worden over het algemeen met RNA-codons weergegeven, omdat messenger-RNA het molecuul is dat daadwerkelijk gelezen wordt tijdens de translatie. Het kan ook met DNA-codons worden weergegeven. Het belangrijkste verschil tussen DNA en RNA is dat de base thymine (T) alleen voorkomt in DNA, terwijl dit in RNA de base uracil (U) is. Doordat de nucleotidevolgorde van het mRNA en die van de coderende streng in het DNA alleen op dit punt verschillen, is de standaard RNA-codontabel bijna dezelfde als de standaard DNA-codontabel: alle U's zijn slechts vervangen door T's. Hieronder is de algemene RNA-codontabel weergegeven.

Biochemische eigenschappen: Apolair Polair Basisch Zuur Stopcodons Mogelijke startcodons[5]
Standaard genetische code[1]
1e
base ↓
2e base
U (uracil) C (cytosine) A (adenine) G (guanine)
U UUU (Phe/F) Fenylalanine UCU (Ser/S) Serine UAU (Tyr/Y) Tyrosine UGU (Cys/C) Cysteïne
UUC UCC UAC UGC
UUA (Leu/L) Leucine UCA UAA Stop (Ochre)[a] UGA Stop (Opal)[a]
UUG UCG UAG Stop (Amber)[a] UGG (Trp/W) Tryptofaan
C CUU CCU (Pro/P) Proline CAU (His/H) Histidine CGU (Arg/R) Arginine
CUC CCC CAC CGC
CUA CCA CAA (Gln/Q) Glutamine CGA
CUG CCG CAG CGG
A AUU (Ile/I) Isoleucine ACU (Thr/T) Threonine AAU (Asn/N) Asparagine AGU (Ser/S) Serine
AUC ACC AAC AGC
AUA ACA AAA (Lys/K) Lysine AGA (Arg/R) Arginine
AUG (Met/M) Methionine ACG AAG AGG
G GUU (Val/V) Valine GCU (Ala/A) Alanine GAU (Asp/D) Asparaginezuur GGU (Gly/G) Glycine
GUC GCC GAC GGC
GUA GCA GAA (Glu/E) Glutaminezuur GGA
GUG GCG GAG GGG

Omgekeerde codontabel (RNA)

[bewerken | brontekst bewerken]

Deze codontabel kan gebruikt worden om vanuit een bekend aminozuur de bijbehorende codons te bepalen. Veruit de meeste aminozuren worden door meer dan één codon gespecificeerd. Omdat codons die voor hetzelfde aminozuur coderen vaak alleen verschillen in de derde positie (de zogenoemde wiebelbase), is het mogelijk om de notatie van de codons te comprimeren aan de hand van het IUPAC-notatiesysteem.[6] De gecomprimeerde – samengevatte – notaties staan vermeld in de derde kolom van onderstaande tabel.

Omgekeerde codontabel[6]
Aminozuur RNA-codons Samengevat Aminozuur RNA-codons Samengevat
Ala, A GCU, GCC, GCA, GCG GCN Ile, I AUU, AUC, AUA AUH
Arg, R CGU, CGC, CGA, CGG; AGA, AGG CGN, AGR; of
CGY, MGR
Leu, L CUU, CUC, CUA, CUG; UUA, UUG CUN, UUR; of
CUY, YUR
Asn, N AAU, AAC AAY Lys, K AAA, AAG AAR
Asp, D GAU, GAC GAY Met, M AUG
Asn of Asp, B AAU, AAC; GAU, GAC RAY Phe, F UUU, UUC UUY
Cys, C UGU, UGC UGY Pro, P CCU, CCC, CCA, CCG CCN
Gln, Q CAA, CAG CAR Ser, S UCU, UCC, UCA, UCG; AGU, AGC UCN, AGY
Glu, E GAA, GAG GAR Thr, T ACU, ACC, ACA, ACG ACN
Gln of Glu, Z CAA, CAG; GAA, GAG SAR Trp, W UGG
Gly, G GGU, GGC, GGA, GGG GGN Tyr, Y UAU, UAC UAY
His, H CAU, CAC CAY Val, V GUU, GUC, GUA, GUG GUN
START AUG, CUG, UUG HUG STOP UAA, UGA, UAG URA, UAG; of
UGA, UAR

Alternatieve codontabellen

[bewerken | brontekst bewerken]

In het verleden werd aangenomen dat de genetische code universeel is. De codons zouden in elk organisme, van bacteriën tot de mens, op dezelfde manier worden gelezen en getransleerd. Hoewel deze aanname grotendeels klopt, zijn er verschillende uitzonderingen (variaties) op de genetische code ontdekt.[7] Al in 1981 werd aangetoond dat mitochondriën in diverse soorten, codons gebruiken die afwijken van de standaard code.[8] Zo wordt het codon 'AUA' binnen mitochondriën van zoogdieren getransleerd als methionine, terwijl dit codon in het cytosol van de cel getransleerd wordt als isoleucine. Ook in ciliaten werkt de genetische code wat anders, omdat hier de conventionele stopcodons voor aminozuren coderen.[7] In onderstaande tabel zijn enkele variaties van de genetische code opgenomen.

Biochemische eigenschappen: Apolair Polair Basisch Zuur Stopcodons Mogelijke startcodons[5]
Overzicht van variaties op de standaard genetische code[9]
Organisme DNA-codon RNA-codon Wordt getransleerd als Normaal NCBI-nummer
Mitochondriale code in gewervelden AGA AGA Stop Arg 2
AGG AGG Stop Arg
ATA AUA Met (M) Ile (I)
TGA UGA Trp (W) Stop
Mitochondriale code in gistcellen ATA AUA Met (M) Ile (I) 3
CTT CUU Thr (T) Leu (L)
CTC CUC Thr (T) Leu (L)
CTA CUA Thr (T) Leu (L)
CTG CUG Thr (T) Leu (L)
TGA UGA Trp (W) Stop
CGA CGA afwezig Arg (R)
CGC CGC afwezig Arg (R)
Ciliaten, enkele flagellaten TAA UAA Gln (Q) Stop 6
TAG UAG Gln (Q) Stop
Mitochondriale code in platwormen en echinodermen AAA AAA Asn (N) Lys (K) 9
AGA AGA Ser (S) Arg (R)
AGG AGG Ser (S) Arg (R)
TGA UGA Trp (W) Stop
Blepharisma TAG UAG Gln (Q) (p) Stop 15
Karyorelictea TAA UAA Gln (Q) Stop 27
TAG UAG Gln (Q) Stop
TGA UGA Trp (W) Stop