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Esta lista de software de alinhamento de sequências é uma compilação de ferramentas software e portais web usados em alinhamento de sequências de pares e alinhamento múltiplo de sequências. Ver software para alinhamento estrutural para alinhamento estrutural de proteínas.
Nome
|
Descrição |
Tipo de sequência* |
Ligação
|
BLAST
|
Busca local de k-tuplas (Basic Local Alignment Search Tool) |
Ambos |
NCBI EBI DDBJ DDBJ (psi-blast) GenomeNet PIR (Apenas proteínas)
|
Extensão combinatória
|
Busca de alinhamento estrutural |
Proteína |
servidor
|
FASTA
|
Busca local de k-tuplas |
Ambos |
EBI DDBJ GenomeNet PIR (Apenas proteínas)
|
GGSEARCH / GLSEARCH
|
Alinhamento com estatística Global:Global (GG), Global:Local (GL) |
Proteína |
servidor FASTA
|
HMMER
|
Busca de perfis ocultos de Markov |
Proteína/ADN |
Descarregar (S. Eddy) DDBJ (HMMPFAM)
|
IDF
|
Inverse Document Frequency |
Ambos |
Descarregar
|
Infernal
|
Busca SCFG de perfil |
ARN |
Descarregar (S. Eddy)
|
SAM
|
Busca de perfis ocultos de Markov |
Proteína/ADN |
SAM (K. Karplus, A. Krogh)
|
SSEARCH
|
Busca Smith-Waterman (mais sensível que FASTA) |
Ambos |
servidor EBI DDBJ
|
SWIMM
|
Busca Smith-Waterman em arquiteturas multicore e manycore da Intel |
Proteína |
Descarregar (Rucci et al[1])
|
*Tipo de sequência: Proteína ou nucleotídeo
|
Nome
|
Descrição |
Tipo de sequência* |
Tipo de alinhamento Type** |
Ligação |
Autor |
Ano
|
ABA
|
Alinhamento A-Bruijn |
Proteína |
Global |
Descarregar |
B.Raphael et al. |
2004
|
ALE
|
Alinhamento manual; alguma assistência de software |
Nucleotídeos |
Local |
Descarregar |
J. Blandy y K. Fogel |
1994 (última versão 2007)
|
AMAP
|
Annealing de sequências |
Ambos |
Global |
servidor |
A. Schwartz e L. Pachter |
2006
|
BAli-Phy
|
Alinhamentos árvore+multi; probabilísticos/bayesianos; joint estimation |
Ambos |
Global |
WWW+Descarregar |
BD Redelings e MA Suchard |
2005 (última versão 2013)
|
CHAOS/DIALIGN
|
Alinhamento iterativo |
Ambos |
Local (preferida) |
servidor |
M. Brudno e B. Morgenstern |
2003
|
ClustalW
|
Alinhamento progressivo |
Ambos |
Local ou Global |
Descarregar EBI DDBJ PBIL EMBNet GenomeNet |
Thompson et al. |
1994
|
CodonCode Aligner
|
Multi-alinhamento; suporte ClustalW e Phrap |
Nucleotídeos |
Local ou Global |
Descarregar |
P. Richterich et al. |
2003 (última versão 2007)
|
DIALIGN-TX y DIALIGN-T
|
Método baseado em segmentos |
Ambos |
Local (preferida) ou Global |
Descarregar e servidor |
A.R.Subramanian |
2005 (última versão 2008)
|
ADN Baser
|
Multi-alinhamento |
Ambos |
Local ou Global + pós-processo |
ADN Baser (comercial)[ligação inativa] |
M. Gabriel |
publicado em 2005
|
Ed'Nimbus
|
Seeded filtration |
Nucleotídeos |
Local |
servidor |
P. Peterlongo et al. |
2006
|
Geneious
|
Alinhamento progressivo/iterativo; plugin para ClustalW |
Ambos |
Local ou Global |
Descarregar |
A.J. Drummond et al. |
2005 / 2006
|
Kalign
|
Alinhamento progressivo |
Ambos |
Global |
servidorEBI MPItoolkit |
T. Lassmann |
2005
|
MSA
|
Programação dinâmica |
Ambos |
Local ou Global |
Descarregar |
D.J. Lipman et al. |
1989 (modificado 1995)
|
PRRN/PRRP
|
Alinhamento iterativo (especialmente refinamento) |
Proteína |
Local ou Global |
PRRP PRRN |
Y. Totoki (baseado em O. Gotoh) |
1991 e posteriores
|
POA
|
Modelo oculto de Markov/ordem parcial |
Proteína |
Local ou Global |
Descarregar |
C. Lee |
2002
|
SAM
|
Modelo oculto de Markov |
Proteína |
Local ou Global |
servidor |
A. Krogh et al. |
1994 (versão mais recente 2002)
|
MAFFT
|
Alinhamento progressivo/iterativo |
Ambos |
Local ou Global |
GenomeNet MAFFT[ligação inativa] |
K. Katoh et al. |
2005
|
MAVID
|
Alinhamento progressivo |
Ambos |
Global |
servidor |
N. Bray e L. Pachter |
2004
|
MULTALIN
|
Programação dinâmica/clustering |
Ambos |
Local ou Global |
servidor |
F. Corpet |
1988
|
Multi-LAGAN
|
Alinhamento progressivo por programação dinâmica |
Ambos |
Global |
servidor |
M. Brudno et al. |
2003
|
MUSCLE
|
Alinhamento progressivo/iterativo |
Ambos |
Local ou Global |
servidor |
R. Edgar |
2004
|
ProbCons
|
Probabilístico/consistência |
Proteína |
Local ou Global |
servidor |
C. Do et al. |
2005
|
PSAlign
|
Alinhamento preservando não-heurística |
Ambos |
Local ou Global |
Descarregar |
S.H. Sze, Y. Lu, Q. Yang. |
2006
|
SAGA
|
Alinhamento de sequências por algoritmo genético |
Proteína |
Local ou Global |
Descarregar |
C. Notredame et al. |
1996 (nova versão 1998)
|
T-Coffee
|
Alinhamento progressivo mais sensível |
Ambos |
Local ou Global |
servidor |
C. Notredame et al. |
2000
|
RevTrans
|
Combina ADN e alinhamento de proteínas, por tradução inversa de alinhamento de proteínas a ADN. |
ADN/Proteína (especial) |
Local ou Global |
servidor |
Wernersson e Pedersen |
2003 (versão mais recente 2005)
|
*Tipo de sequência: Proteína ou nucleotídeo. **Tipo de alinhamento: Local ou global
|
Nome
|
Descrição
|
Tipo de sequência*
|
Ligação
|
SLAM
|
Previsão de genes, alinhamento, anotação (identificação de homologia humano-rato) |
Nucleotídeo |
servidor
|
Mauve
|
Alinhamento múltiplo de genomas reorganizados |
Nucleotídeo |
decarregar
|
MGA
|
Alinhador múltiplo de genomas |
Nucleotídeo |
descarregar
|
Mulan
|
Alinhamentos múltiplos locais de sequências de tamanho genêmico |
Nucleotídeo |
servidor
|
Sequerome
|
Perfil de informação sobre alinhamento de sequências recorrendo aos principais servidores/serviços |
Nucleotídeo/peptídeo |
servidor
|
AVID
|
Alinhamento global por pares com genomas completos |
Nucleotídeo |
servidor
|
SIBsim4 / Sim4
|
Programa projetado para alinhar uma sequência expressa de ADN com uma sequência genômica, permitindo íntrons |
Nucleotídeo |
descarregar
|
Shuffle-LAGAN
|
Alinhamento glocal de pares de regiões de genoma completas |
Nucleotídeo |
servidor
|
ACT (Artemis Comparison Tool)
|
Sintenia e genômica comparativa
|
Nucleotídeo
|
servidor
|
*Tipo de sequência: Proteína ou nucleotídeo
|
Nome
|
Descrição |
Tipo de sequência* |
Ligação
|
MEME/MAST
|
Busca descobrimento de motivos |
Ambos |
servidor
|
BLOCKS
|
Identificação de motivos sem jogos na base de dados BLOCKS |
Ambos |
servidor
|
eMOTIF
|
Extração e identificação de motivos curtos |
Ambos |
servidores
|
Gibbs motif sampler (Amostrador de motivos Gibbs)
|
Extração estocástica de motivos por probabilidade estadística |
Ambos |
servidor (uma das várias implementações)
|
TEIRESIAS
|
Extração de motivos e busca na base de dados |
Ambos |
servidor
|
PRATT
|
Geração de padrões para usar com ScanProsite |
Proteína |
servidor
|
ScanProsite
|
Ferramenta de busca de motivos na base de dados |
Proteína |
servidor
|
PHI-Blast
|
Busca de motivos e ferramenta de alinhamento |
Ambos |
servidor
|
I-sites
|
Biblioteca de motivos estruturais locais |
Proteína |
servidor
|
*Tipo de sequência: Proteína ou nucleotídeo
|
Referências
- ↑ Rucci E (julho de 2015). «An energy-aware performance analysis of SWIMM: Smith-Waterman implementation on Intel's Multicore and Manycore architectures». Concurrency and Computation: Practice and Experience. doi:10.1002/cpe.3598