Mattias Jonson inledde karriären i IFK Kumla och Örebroklubben Karlslunds IF. Han spelade i Örebro SK 1992-1995. Därefter blev det spel i Helsingborgs IF, åren 1996 till 1999. Jonson spelade för danska klubben Brøndby IF mellan 2000 och 2004 varefter det blev spel i Norwich 2004-2005.
I gruppespelsmatchen mot Argentina i VM 2002 orsakade Jonson den straffspark som ledde till Argentinas kvittering i matchen. Det förändrade dock inte att Sverige avancerade från gruppspelet.
Mattias Jonson gjorde 2–2-målet mot Danmark som förde Sverige vidare från gruppspelet i EM 2004. I Sveriges kvalspel till EM 2004 gjorde Jonson ett hat-trick borta mot San Marino den 7 juni 2003 [1] i en match som slutade med svensk seger, 6-0.[2]. Jonson var under sin tid i Bröndby IF en av föreningens populäraste spelare och hade en egen fanclub - Mattias Jonson Hardcore Fanclub. Den 8 augusti 2006 meddelade han att karriären i A-landslaget är över. 59 A-landskamper och 9 mål blev hans facit. Kontraktet med Djurgårdens IF skrevs under sommaren 2005 till 31 december 2008. Kontraktet förlängdes den 8 april 2008 med en säsong till och med 2009. Den 11 november 2009 blev det officiellt att ett kontrakt för säsongen 2010 hade skrivits under, endast några dagar senare nickade Jonson in det avgörande målet i förlängningen i allsvenska kvalet mot Assyriska FF vilket innebar fortsatt allsvenskt spel för Djurgården. Jonson blev senare under säsongen 2010 återigen skadad, och det såg länge ut som säsongen skulle bli Jonsons sista. Efter en skadefri höst och mycket spel, förlängdes kontraktet 2 oktober ett år till 2011[3]. Jonson avslutade sin spelarkarriär den 23 oktober 2011, i Djurgårdens sista allsvenska match 2011 mot Gefle IF.