Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
RFX4
|
---|
|
Ідентифікатори
|
---|
Символи
| RFX4, NYD-SP10, regulatory factor X4 |
---|
Зовнішні ІД |
OMIM: 603958 MGI: 1918387 HomoloGene: 31119 GeneCards: RFX4
|
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція |
• GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • chromatin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
|
---|
Клітинна компонента |
• клітинне ядро
|
---|
Біологічний процес |
• GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • forebrain development • telencephalon development • dorsal spinal cord development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of smoothened signaling pathway involved in ventral spinal cord patterning • cerebellar cortex morphogenesis • midbrain development • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • regulation of protein processing • transcription, DNA-templated • transcription by RNA polymerase II • cilium assembly
|
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Ортологи |
---|
Види |
Людина |
Миша |
---|
Entrez | |
|
---|
Ensembl |
|
|
---|
UniProt |
|
|
---|
RefSeq (мРНК) |
| |
---|
RefSeq (білок) |
| |
---|
Локус (UCSC) |
Хр. 12: 106.58 – 106.76 Mb
| Хр. 10: 84.59 – 84.74 Mb
|
---|
PubMed search |
[1]
| [2] |
---|
Вікідані |
|
RFX4 (англ. Regulatory factor X4) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 735 амінокислот, а молекулярна маса — 83 368[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MHCGLLEEPD | | MDSTESWIER | | CLNESENKRY | | SSHTSLGNVS | | NDENEEKENN |
RASKPHSTPA | | TLQWLEENYE | | IAEGVCIPRS | | ALYMHYLDFC | | EKNDTQPVNA |
ASFGKIIRQQ | | FPQLTTRRLG | | TRGQSKYHYY | | GIAVKESSQY | | YDVMYSKKGA |
AWVSETGKKE | | VSKQTVAYSP | | RSKLGTLLPE | | FPNVKDLNLP | | ASLPEEKVST |
FIMMYRTHCQ | | RILDTVIRAN | | FDEVQSFLLH | | FWQGMPPHML | | PVLGSSTVVN |
IVGVCDSILY | | KAISGVLMPT | | VLQALPDSLT | | QVIRKFAKQL | | DEWLKVALHD |
LPENLRNIKF | | ELSRRFSQIL | | RRQTSLNHLC | | QASRTVIHSA | | DITFQMLEDW |
RNVDLNSITK | | QTLYTMEDSR | | DEHRKLITQL | | YQEFDHLLEE | | QSPIESYIEW |
LDTMVDRCVV | | KVAAKRQGSL | | KKVAQQFLLM | | WSCFGTRVIR | | DMTLHSAPSF |
GSFHLIHLMF | | DDYVLYLLES | | LHCQERANEL | | MRAMKGEGST | | AEVREEIILT |
EAAAPTPSPV | | PSFSPAKSAT | | SVEVPPPSSP | | VSNPSPEYTG | | LSTTGAMQSY |
TWSLTYTVTT | | AAGSPAENSQ | | QLPCMRNTHV | | PSSSVTHRIP | | VYPHREEHGY |
TGSYNYGSYG | | NQHPHPMQSQ | | YPALPHDTAI | | SGPLHYAPYH | | RSSAQYPFNS |
PTSRMEPCLM | | SSTPRLHPTP | | VTPRWPEVPS | | ANTCYTSPSV | | HSARYGNSSD |
MYTPLTTRRN | | SEYEHMQHFP | | GFAYINGEAS | | TGWAK |
Кодований геном білок за функцією належить до активаторів.
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у ядрі.
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
|
---|
(1) Основні домени |
---|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
---|
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
---|
(1.4) NF-1 | |
---|
(1.5) RF-X | |
---|
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | підродина 1 | |
---|
підродина 2 | |
---|
підродина 3 | |
---|
підродина 4 | |
---|
підродина 5 | |
---|
підродина 6 | |
---|
підродина 0 | |
---|
|
---|
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
---|
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
---|
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
---|
(2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
---|
(2.6) WRKY | |
---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
(3.1) Гомеобокс | |
---|
(3.2) Парний бокс | |
---|
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
---|
(3.4) Фактори теплового шоку | |
---|
(3.5) Триптофановий кластер | |
---|
(3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
(4.1) RHR | |
---|
(4.2) STAT | |
---|
(4.3) p53 | |
---|
(4.4) MADS | |
---|
(4.6) TATA | |
---|
(4.7) Високомобільна група | |
---|
(4.9) Grainyhead | |
---|
(4.10) Домен холодового шоку | |
---|
(4.11) Runt | |
---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
(0.2) HMGI(Y) | |
---|
(0.3) Pocket домен | |
---|
(0.5) AP2/EREBP-подібні | |
---|
(0.6) Інші | |
---|
|
|