環境省官員天海會見特立獨行的地震學家田所博士,博士認為關東地區正面臨沉沒危機。
在日之島沉沒之後,首相駁斥田所的理論,認為這一切毫無根據。一篇雜誌報導危及天海的政治生涯。
副首相拒絕相信田所的驚人預測,天海於是想辦法說服一位知名科學家檢視數據。
關東可能會沉沒的消息忽然遭到公開,當地居民開始恐慌,所有交易也暫停。天海提出疏散計畫。
關東地區死傷慘重。天海得知女兒搭的公車在隧道事故中受困,立即出發尋找愛女。
東山公布了重建受災地區的計畫,卻又突然喊停。田所預測日本全國都將面臨可怕的災難。
田所遭逮捕後,天海請意想不到的人協助處理科學數據。安置計畫遇到意外的阻礙。
全世界都得知日本危機和安置協商的消息,日本國民開始對政府失去信心。
以首相為目標的恐怖攻擊震驚全世界。天海的團隊持續努力處理安置問題,此時卻有新的傳染病出現。
由於變種病毒出現,各國紛紛對日本移民關閉國境,科學家們則和時間賽跑,亟欲研發出解藥。