Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
HOXD9
|
---|
|
Ідентифікатори
|
---|
Символи
| HOXD9, HOX4, HOX4C, Hox-4.3, Hox-5.2, homeobox D9 |
---|
Зовнішні ІД |
OMIM: 142982 MGI: 96210 HomoloGene: 8409 GeneCards: HOXD9
|
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція |
• DNA binding • sequence-specific DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
|
---|
Клітинна компонента |
• клітинне ядро • ядерце
|
---|
Біологічний процес |
• embryonic skeletal system morphogenesis • forelimb morphogenesis • peripheral nervous system neuron development • proximal/distal pattern formation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • adult locomotory behavior • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • hindlimb morphogenesis • transcription, DNA-templated • single fertilization • embryonic skeletal system development • mammary gland development • multicellular organism development • регуляція експресії генів • skeletal muscle tissue development • embryonic forelimb morphogenesis • anterior/posterior pattern specification • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
|
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
|
Більше даних
|
Ортологи |
---|
Види |
Людина |
Миша |
---|
Entrez | |
|
---|
Ensembl |
|
|
---|
UniProt |
|
|
---|
RefSeq (мРНК) |
| |
---|
RefSeq (білок) |
| |
---|
Локус (UCSC) |
Хр. 2: 176.12 – 176.12 Mb
| Хр. 2: 74.53 – 74.53 Mb
|
---|
PubMed search |
[1]
| [2] |
---|
Вікідані |
|
HOXD9 (англ. Homeobox D9) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 352 амінокислот, а молекулярна маса — 36 495[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MLGGSAGRLK | | MSSSGTLSNY | | YVDSLIGHEG | | DEVFAARFGP | | PGPGAQGRPA |
GVADGPAATA | | AEFASCSFAP | | RSAVFSASWS | | AVPSQPPAAA | | AMSGLYHPYV |
PPPPLAASAS | | EPGRYVRSWM | | EPLPGFPGGA | | GGGGGGGGGG | | PGRGPSPGPS |
GPANGRHYGI | | KPETRAAPAP | | ATAASTTSSS | | STSLSSSSKR | | TECSVARESQ |
GSSGPEFSCN | | SFLQEKAAAA | | TGGTGPGAGI | | GAATGTGGSS | | EPSACSDHPI |
PGCSLKEEEK | | QHSQPQQQQL | | DPNNPAANWI | | HARSTRKKRC | | PYTKYQTLEL |
EKEFLFNMYL | | TRDRRYEVAR | | ILNLTERQVK | | IWFQNRRMKM | | KKMSKEKCPK |
GD |
Кодований геном білок за функціями належить до білків розвитку, фосфопротеїнів.
Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у ядрі.
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
|
---|
|
(1) Основні домени |
---|
|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) |
|
---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) |
|
---|
| (1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) |
|
---|
| (1.4) NF-1 |
|
---|
| (1.5) RF-X |
|
---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) |
|
---|
|
| |
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) |
підродина 1 |
|
---|
| підродина 2 |
|
---|
| підродина 3 |
|
---|
| підродина 4 |
|
---|
| підродина 5 |
|
---|
| підродина 6 |
|
---|
| підродина 0 |
|
---|
|
---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 |
|
---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців |
|
---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер |
|
---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу |
|
---|
| (2.6) WRKY |
|
---|
|
| |
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
|
(3.1) Гомеобокс |
|
---|
| (3.2) Парний бокс |
|
---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль |
|
---|
| (3.4) Фактори теплового шоку |
|
---|
| (3.5) Триптофановий кластер |
|
---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер |
|
---|
|
| |
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
|
(4.1) RHR |
|
---|
| (4.2) STAT |
|
---|
| (4.3) p53 |
|
---|
| (4.4) MADS |
|
---|
| (4.6) TATA |
|
---|
| (4.7) Високомобільна група |
|
---|
| (4.9) Grainyhead |
|
---|
| (4.10) Домен холодового шоку |
|
---|
| (4.11) Runt |
|
---|
|
| |
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
|
(0.2) HMGI(Y) |
|
---|
| (0.3) Pocket домен |
|
---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні |
|
---|
| (0.6) Інші |
|
---|
|
|
|