Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
SOX17
|
---|
|
|
Ідентифікатори
|
---|
Символи
| SOX17, VUR3, SRY-box 17, SRY-box transcription factor 17 |
---|
Зовнішні ІД |
OMIM: 610928 MGI: 107543 HomoloGene: 7948 GeneCards: SOX17
|
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція |
• sequence-specific DNA binding • DNA binding • beta-catenin binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001105 transcription coactivator activity • transcription factor binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • protein heterodimerization activity • transcription factor activity, RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
|
---|
Клітинна компонента |
• transcription regulator complex • нуклеоплазма • клітинне ядро
|
---|
Біологічний процес |
• renal system development • endoderm development • regulation of embryonic development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1903364 positive regulation of protein catabolic process • stem cell fate specification • positive regulation of skeletal muscle tissue development • embryonic foregut morphogenesis • embryonic organ development • endodermal digestive tract morphogenesis • negative regulation of mesodermal cell fate specification • inner cell mass cellular morphogenesis • negative regulation of Wnt signaling pathway • protein stabilization • endocardium formation • outflow tract morphogenesis • signal transduction involved in regulation of gene expression • endodermal cell fate determination • mRNA transcription by RNA polymerase II • regulation of mesodermal cell fate specification • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • Wnt signaling pathway • endocardial cell differentiation • regulation of cardiac cell fate specification • transcription, DNA-templated • stem cell differentiation • embryonic heart tube development • васкулогенез • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • heart looping • cardiac cell fate determination • common bile duct development • negative regulation of Wnt signaling pathway involved in heart development • rostrocaudal neural tube patterning • GO:1901313 positive regulation of gene expression • cardiogenic plate morphogenesis • heart formation • embryonic heart tube morphogenesis • negative regulation of cell growth • protein destabilization • Ангіогенез • Сперматогенез • positive regulation of cell differentiation • regulation of stem cell division • гаструляція • gall bladder development • canonical Wnt signaling pathway • регуляція диференціювання клітин • cell migration involved in gastrulation • endoderm formation • regulation of stem cell proliferation • negative regulation of canonical Wnt signaling pathway • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • cellular response to leukemia inhibitory factor • диференціація клітин
|
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Ортологи |
---|
Види |
Людина |
Миша |
---|
Entrez | |
|
---|
Ensembl |
|
|
---|
UniProt |
|
|
---|
RefSeq (мРНК) |
| |
---|
RefSeq (білок) |
| |
---|
Локус (UCSC) |
Хр. 8: 54.46 – 54.46 Mb
| Хр. 1: 4.56 – 4.57 Mb
|
---|
PubMed search |
[1]
| [2] |
---|
Вікідані |
|
SOX17 (англ. SRY-box 17) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 8-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 414 амінокислот, а молекулярна маса — 44 117[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MSSPDAGYAS | | DDQSQTQSAL | | PAVMAGLGPC | | PWAESLSPIG | | DMKVKGEAPA |
NSGAPAGAAG | | RAKGESRIRR | | PMNAFMVWAK | | DERKRLAQQN | | PDLHNAELSK |
MLGKSWKALT | | LAEKRPFVEE | | AERLRVQHMQ | | DHPNYKYRPR | | RRKQVKRLKR |
VEGGFLHGLA | | EPQAAALGPE | | GGRVAMDGLG | | LQFPEQGFPA | | GPPLLPPHMG |
GHYRDCQSLG | | APPLDGYPLP | | TPDTSPLDGV | | DPDPAFFAAP | | MPGDCPAAGT |
YSYAQVSDYA | | GPPEPPAGPM | | HPRLGPEPAG | | PSIPGLLAPP | | SALHVYYGAM |
GSPGAGGGRG | | FQMQPQHQHQ | | HQHQHHPPGP | | GQPSPPPEAL | | PCRDGTDPSQ |
PAELLGEVDR | | TEFEQYLHFV | | CKPEMGLPYQ | | GHDSGVNLPD | | SHGAISSVVS |
DASSAVYYCN | | YPDV |
Кодований геном білок за функцією належить до активаторів.
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, сигнальний шлях Wnt.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у ядрі.
- Katoh M. (2002). Molecular cloning and characterization of human SOX17. Int. J. Mol. Med. 9: 153—157. PMID 11786926
|
---|
|
(1) Основні домени |
---|
|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) |
|
---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) |
|
---|
| (1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) |
|
---|
| (1.4) NF-1 |
|
---|
| (1.5) RF-X |
|
---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) |
|
---|
|
| |
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) |
підродина 1 |
|
---|
| підродина 2 |
|
---|
| підродина 3 |
|
---|
| підродина 4 |
|
---|
| підродина 5 |
|
---|
| підродина 6 |
|
---|
| підродина 0 |
|
---|
|
---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 |
|
---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців |
|
---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер |
|
---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу |
|
---|
| (2.6) WRKY |
|
---|
|
| |
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
|
(3.1) Гомеобокс |
|
---|
| (3.2) Парний бокс |
|
---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль |
|
---|
| (3.4) Фактори теплового шоку |
|
---|
| (3.5) Триптофановий кластер |
|
---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер |
|
---|
|
| |
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
|
(4.1) RHR |
|
---|
| (4.2) STAT |
|
---|
| (4.3) p53 |
|
---|
| (4.4) MADS |
|
---|
| (4.6) TATA |
|
---|
| (4.7) Високомобільна група |
|
---|
| (4.9) Grainyhead |
|
---|
| (4.10) Домен холодового шоку |
|
---|
| (4.11) Runt |
|
---|
|
| |
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
|
(0.2) HMGI(Y) |
|
---|
| (0.3) Pocket домен |
|
---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні |
|
---|
| (0.6) Інші |
|
---|
|
|
|