Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
LMX1A
|
---|
|
Ідентифікатори
|
---|
Символи
| LMX1A, LMX1, LMX1.1, LIM homeobox transcription factor 1 alpha, DFNA7 |
---|
Зовнішні ІД |
OMIM: 600298 MGI: 1888519 HomoloGene: 24921 GeneCards: LMX1A
|
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція |
• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • DNA binding • sequence-specific DNA binding • зв'язування з іоном металу • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
|
---|
Клітинна компонента |
• клітинне ядро
|
---|
Біологічний процес |
• neuron differentiation • cerebellum development • multicellular organism development • midbrain development • central nervous system development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • axon guidance • dentate gyrus development • transcription, DNA-templated • negative regulation of neuron differentiation • central nervous system neuron differentiation • hippocampus development • regulation of cell growth • brain development • dopaminergic neuron differentiation • регуляція експресії генів • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • synapse organization • olfactory behavior • пам'ять • locomotory behavior • midbrain dopaminergic neuron differentiation • transcription by RNA polymerase II
|
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Ортологи |
---|
Види |
Людина |
Миша |
---|
Entrez | |
|
---|
Ensembl |
|
|
---|
UniProt |
|
|
---|
RefSeq (мРНК) |
| |
---|
RefSeq (білок) |
| |
---|
Локус (UCSC) |
Хр. 1: 165.2 – 165.36 Mb
| Хр. 1: 167.52 – 167.68 Mb
|
---|
PubMed search |
[1]
| [2] |
---|
Вікідані |
|
LMX1A (англ. LIM homeobox transcription factor 1 alpha) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 382 амінокислот, а молекулярна маса — 42 747[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MLDGLKMEEN | | FQSAIDTSAS | | FSSLLGRAVS | | PKSVCEGCQR | | VILDRFLLRL |
NDSFWHEQCV | | QCASCKEPLE | | TTCFYRDKKL | | YCKYDYEKLF | | AVKCGGCFEA |
IAPNEFVMRA | | QKSVYHLSCF | | CCCVCERQLQ | | KGDEFVLKEG | | QLLCKGDYEK |
ERELLSLVSP | | AASDSGKSDD | | EESLCKSAHG | | AGKGTAEEGK | | DHKRPKRPRT |
ILTTQQRRAF | | KASFEVSSKP | | CRKVRETLAA | | ETGLSVRVVQ | | VWFQNQRAKM |
KKLARRQQQQ | | QQDQQNTQRL | | SSAQTNGGGS | | AGMEGIMNPY | | TALPTPQQLL |
AIEQSVYSSD | | PFRQGLTPPQ | | MPGDHMHPYG | | AEPLFHDLDS | | DDTSLSNLGD |
CFLATSEAGP | | LQSRVGNPID | | HLYSMQNSYF | | TS |
Кодований геном білок за функціями належить до активаторів, білків розвитку.
Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції.
Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК.
Локалізований у ядрі.
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
|
---|
|
(1) Основні домени |
---|
|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) |
|
---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) |
|
---|
| (1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) |
|
---|
| (1.4) NF-1 |
|
---|
| (1.5) RF-X |
|
---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) |
|
---|
|
| |
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) |
підродина 1 |
|
---|
| підродина 2 |
|
---|
| підродина 3 |
|
---|
| підродина 4 |
|
---|
| підродина 5 |
|
---|
| підродина 6 |
|
---|
| підродина 0 |
|
---|
|
---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 |
|
---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців |
|
---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер |
|
---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу |
|
---|
| (2.6) WRKY |
|
---|
|
| |
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
|
(3.1) Гомеобокс |
|
---|
| (3.2) Парний бокс |
|
---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль |
|
---|
| (3.4) Фактори теплового шоку |
|
---|
| (3.5) Триптофановий кластер |
|
---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер |
|
---|
|
| |
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
|
(4.1) RHR |
|
---|
| (4.2) STAT |
|
---|
| (4.3) p53 |
|
---|
| (4.4) MADS |
|
---|
| (4.6) TATA |
|
---|
| (4.7) Високомобільна група |
|
---|
| (4.9) Grainyhead |
|
---|
| (4.10) Домен холодового шоку |
|
---|
| (4.11) Runt |
|
---|
|
| |
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
|
(0.2) HMGI(Y) |
|
---|
| (0.3) Pocket домен |
|
---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні |
|
---|
| (0.6) Інші |
|
---|
|
|
|