Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
CDX2
|
---|
|
Ідентифікатори
|
---|
Символи
| CDX2, CDX-3, CDX2/AS, CDX3, caudal type homeobox 2, Cdx2 |
---|
Зовнішні ІД |
OMIM: 600297 MGI: 88361 HomoloGene: 968 GeneCards: CDX2
|
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція |
• GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • DNA binding • sequence-specific DNA binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • double-stranded DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • methyl-CpG binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding
|
---|
Клітинна компонента |
• transcription repressor complex • нуклеоплазма • condensed nuclear chromosome • клітинне ядро • GO:0009327 protein-containing complex
|
---|
Біологічний процес |
• pattern specification process • диференціація клітин • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • regulation of somitogenesis • somatic stem cell population maintenance • endosome to lysosome transport • placenta development • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • labyrinthine layer development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • multicellular organism development • blood vessel development • trophectodermal cell differentiation • establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity • positive regulation of cell differentiation • intestinal epithelial cell differentiation • positive regulation of cell population proliferation • animal organ morphogenesis • anterior/posterior axis specification • blastocyst development • anterior/posterior pattern specification
|
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
|
Більше даних
|
Ортологи |
---|
Види |
Людина |
Миша |
---|
Entrez | |
|
---|
Ensembl |
|
|
---|
UniProt |
|
|
---|
RefSeq (мРНК) |
| |
---|
RefSeq (білок) |
| |
---|
Локус (UCSC) |
Хр. 13: 27.96 – 27.97 Mb
| Хр. 5: 147.24 – 147.24 Mb
|
---|
PubMed search |
[1]
| [2] |
---|
Вікідані |
|
CDX2 (англ. Caudal type homeobox 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 13-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 313 амінокислот, а молекулярна маса — 33 520[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MYVSYLLDKD | | VSMYPSSVRH | | SGGLNLAPQN | | FVSPPQYPDY | | GGYHVAAAAA |
AAANLDSAQS | | PGPSWPAAYG | | APLREDWNGY | | APGGAAAAAN | | AVAHGLNGGS |
PAAAMGYSSP | | ADYHPHHHPH | | HHPHHPAAAP | | SCASGLLQTL | | NPGPPGPAAT |
AAAEQLSPGG | | QRRNLCEWMR | | KPAQQSLGSQ | | VKTRTKDKYR | | VVYTDHQRLE |
LEKEFHYSRY | | ITIRRKAELA | | ATLGLSERQV | | KIWFQNRRAK | | ERKINKKKLQ |
QQQQQQPPQP | | PPPPPQPPQP | | QPGPLRSVPE | | PLSPVSSLQA | | SVPGSVPGVL |
GPTGGVLNPT | | VTQ |
Кодований геном білок за функціями належить до активаторів, білків розвитку, фосфопротеїнів.
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у ядрі.
|
---|
|
(1) Основні домени |
---|
|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) |
|
---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) |
|
---|
| (1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) |
|
---|
| (1.4) NF-1 |
|
---|
| (1.5) RF-X |
|
---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) |
|
---|
|
| |
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) |
підродина 1 |
|
---|
| підродина 2 |
|
---|
| підродина 3 |
|
---|
| підродина 4 |
|
---|
| підродина 5 |
|
---|
| підродина 6 |
|
---|
| підродина 0 |
|
---|
|
---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 |
|
---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців |
|
---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер |
|
---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу |
|
---|
| (2.6) WRKY |
|
---|
|
| |
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
|
(3.1) Гомеобокс |
|
---|
| (3.2) Парний бокс |
|
---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль |
|
---|
| (3.4) Фактори теплового шоку |
|
---|
| (3.5) Триптофановий кластер |
|
---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер |
|
---|
|
| |
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
|
(4.1) RHR |
|
---|
| (4.2) STAT |
|
---|
| (4.3) p53 |
|
---|
| (4.4) MADS |
|
---|
| (4.6) TATA |
|
---|
| (4.7) Високомобільна група |
|
---|
| (4.9) Grainyhead |
|
---|
| (4.10) Домен холодового шоку |
|
---|
| (4.11) Runt |
|
---|
|
| |
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
|
(0.2) HMGI(Y) |
|
---|
| (0.3) Pocket домен |
|
---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні |
|
---|
| (0.6) Інші |
|
---|
|
|
|