Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
NR1H2
|
---|
![](http://178.128.105.246/host-http-upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/6/65/Protein_NR1H2_PDB_1p8d.png/250px-Protein_NR1H2_PDB_1p8d.png) |
Наявні структури |
---|
PDB | Пошук ортологів: PDBe RCSB |
Список кодів PDB |
1P8D, 1PQ6, 1PQ9, 1PQC, 1UPV, 1UPW, 3KFC, 3L0E, 4DK7, 4DK8, 4RAK, 5HJP, 4NQA, 5I4V,%%s4NQA
| | |
Ідентифікатори
|
---|
Символи
| NR1H2, LXR-b, LXRB, NER, NER-I, RIP15, UNR, Liver X receptor beta, nuclear receptor subfamily 1 group H member 2 |
---|
Зовнішні ІД |
OMIM: 600380 MGI: 1352463 HomoloGene: 21397 GeneCards: NR1H2
|
---|
|
Реагує на сполуку |
---|
(25R)-cholest-5-ene-3β,26-diol, desmosterol[1] |
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція |
• DNA binding • sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • ATPase binding • zinc ion binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • зв'язування з іоном металу • retinoid X receptor binding • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • steroid hormone receptor activity • apolipoprotein A-I receptor binding • GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • transcription factor binding • nuclear receptor coactivator activity • signaling receptor activity
|
---|
Клітинна компонента |
• цитоплазма • нуклеоплазма • клітинне ядро • RNA polymerase II transcription regulator complex
|
---|
Біологічний процес |
• positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly • negative regulation of proteolysis • positive regulation of triglyceride biosynthetic process • GO:0051247, GO:0051200 positive regulation of protein metabolic process • negative regulation of interferon-gamma-mediated signaling pathway • positive regulation of cholesterol transport • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • cellular lipid metabolic process • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of secretion of lysosomal enzymes • positive regulation of lipid storage • positive regulation of lipoprotein lipase activity • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of fatty acid biosynthetic process • negative regulation of gene expression • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of cholesterol storage • negative regulation of pinocytosis • GO:1901313 positive regulation of gene expression • retinoic acid receptor signaling pathway • positive regulation of cholesterol efflux • positive regulation of pancreatic juice secretion • lipid homeostasis • negative regulation of lipid transport • transcription initiation from RNA polymerase II promoter • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • steroid hormone mediated signaling pathway • cholesterol homeostasis • lipid metabolism • multicellular organism development • диференціація клітин • cellular response to lipopolysaccharide • negative regulation of cold-induced thermogenesis • intracellular receptor signaling pathway
|
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
![](http://178.128.105.246/host-http-upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/0/0c/PBB_GE_NR1H2_218215_s_at_fs.png/250px-PBB_GE_NR1H2_218215_s_at_fs.png) |
Більше даних
|
Ортологи |
---|
Види |
Людина |
Миша |
---|
Entrez | |
|
---|
Ensembl |
|
|
---|
UniProt |
|
|
---|
RefSeq (мРНК) |
| |
---|
RefSeq (білок) |
| |
---|
Локус (UCSC) |
Хр. 19: 50.33 – 50.38 Mb
| Хр. 7: 44.2 – 44.2 Mb
|
---|
PubMed search |
[2]
| [3] |
---|
Вікідані |
|
NR1H2 (англ. Nuclear receptor subfamily 1 group H member 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 460 амінокислот, а молекулярна маса — 50 974[5].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MSSPTTSSLD | | TPLPGNGPPQ | | PGAPSSSPTV | | KEEGPEPWPG | | GPDPDVPGTD |
EASSACSTDW | | VIPDPEEEPE | | RKRKKGPAPK | | MLGHELCRVC | | GDKASGFHYN |
VLSCEGCKGF | | FRRSVVRGGA | | RRYACRGGGT | | CQMDAFMRRK | | CQQCRLRKCK |
EAGMREQCVL | | SEEQIRKKKI | | RKQQQESQSQ | | SQSPVGPQGS | | SSSASGPGAS |
PGGSEAGSQG | | SGEGEGVQLT | | AAQELMIQQL | | VAAQLQCNKR | | SFSDQPKVTP |
WPLGADPQSR | | DARQQRFAHF | | TELAIISVQE | | IVDFAKQVPG | | FLQLGREDQI |
ALLKASTIEI | | MLLETARRYN | | HETECITFLK | | DFTYSKDDFH | | RAGLQVEFIN |
PIFEFSRAMR | | RLGLDDAEYA | | LLIAINIFSA | | DRPNVQEPGR | | VEALQQPYVE |
ALLSYTRIKR | | PQDQLRFPRM | | LMKLVSLRTL | | SSVHSEQVFA | | LRLQDKKLPP |
LLSEIWDVHE |
Кодований геном білок за функціями належить до рецепторів, активаторів.
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг.
Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК.
Локалізований у ядрі.
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
|
---|
|
(1) Основні домени |
---|
|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) |
|
---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) |
|
---|
| (1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) |
|
---|
| (1.4) NF-1 |
|
---|
| (1.5) RF-X |
|
---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) |
|
---|
|
| |
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) |
підродина 1 |
|
---|
| підродина 2 |
|
---|
| підродина 3 |
|
---|
| підродина 4 |
|
---|
| підродина 5 |
|
---|
| підродина 6 |
|
---|
| підродина 0 |
|
---|
|
---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 |
|
---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців |
|
---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер |
|
---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу |
|
---|
| (2.6) WRKY |
|
---|
|
| |
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
|
(3.1) Гомеобокс |
|
---|
| (3.2) Парний бокс |
|
---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль |
|
---|
| (3.4) Фактори теплового шоку |
|
---|
| (3.5) Триптофановий кластер |
|
---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер |
|
---|
|
| |
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
|
(4.1) RHR |
|
---|
| (4.2) STAT |
|
---|
| (4.3) p53 |
|
---|
| (4.4) MADS |
|
---|
| (4.6) TATA |
|
---|
| (4.7) Високомобільна група |
|
---|
| (4.9) Grainyhead |
|
---|
| (4.10) Домен холодового шоку |
|
---|
| (4.11) Runt |
|
---|
|
| |
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
|
(0.2) HMGI(Y) |
|
---|
| (0.3) Pocket домен |
|
---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні |
|
---|
| (0.6) Інші |
|
---|
|
|
|