Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
SOX4
|
---|
|
|
Ідентифікатори
|
---|
Символи
| SOX4, EVI16, SRY-box 4, SRY-box transcription factor 4, CSS10 |
---|
Зовнішні ІД |
OMIM: 184430 MGI: 98366 HomoloGene: 2338 GeneCards: SOX4
|
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція |
• DNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • core promoter sequence-specific DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • protein heterodimerization activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
|
---|
Клітинна компонента |
• цитоплазма • нуклеоплазма • мітохондрія • клітинне ядро
|
---|
Біологічний процес |
• skeletal system development • noradrenergic neuron differentiation • DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest • cardiac ventricle formation • glial cell development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • limb bud formation • regulation of protein stability • sympathetic nervous system development • somatic stem cell population maintenance • glucose homeostasis • positive regulation of canonical Wnt signaling pathway • ventricular septum morphogenesis • protein stabilization • ascending aorta morphogenesis • negative regulation of cell death • mitral valve morphogenesis • positive regulation of translation • transcription, DNA-templated • neuroepithelial cell differentiation • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of Wnt signaling pathway • negative regulation of protein ubiquitination • heart development • pro-B cell differentiation • atrial septum primum morphogenesis • T cell differentiation • kidney morphogenesis • positive regulation of cell population proliferation • spinal cord development • positive regulation of apoptotic process • glial cell proliferation • canonical Wnt signaling pathway • positive regulation of N-terminal peptidyl-lysine acetylation • spinal cord motor neuron differentiation • cardiac right ventricle morphogenesis • neural tube formation • cellular response to glucose stimulus • endocrine pancreas development • negative regulation of cell population proliferation • positive regulation of insulin secretion • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription by RNA polymerase II • диференціація клітин
|
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
![](http://178.128.105.246/host-http-upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/13/PBB_GE_SOX4_201418_s_at_fs.png/250px-PBB_GE_SOX4_201418_s_at_fs.png)
![](http://178.128.105.246/host-http-upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/b2/PBB_GE_SOX4_201416_at_fs.png/250px-PBB_GE_SOX4_201416_at_fs.png)
![](http://178.128.105.246/host-http-upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f1/PBB_GE_SOX4_201417_at_fs.png/250px-PBB_GE_SOX4_201417_at_fs.png) |
Більше даних
|
Ортологи |
---|
Види |
Людина |
Миша |
---|
Entrez | |
|
---|
Ensembl |
|
|
---|
UniProt |
|
|
---|
RefSeq (мРНК) |
| |
---|
RefSeq (білок) |
| |
---|
Локус (UCSC) |
Хр. 6: 21.59 – 21.6 Mb
| Хр. 13: 29.13 – 29.14 Mb
|
---|
PubMed search |
[1]
| [2] |
---|
Вікідані |
|
SOX4 (англ. SRY-box 4) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 474 амінокислот, а молекулярна маса — 47 263[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MVQQTNNAEN | | TEALLAGESS | | DSGAGLELGI | | ASSPTPGSTA | | STGGKADDPS |
WCKTPSGHIK | | RPMNAFMVWS | | QIERRKIMEQ | | SPDMHNAEIS | | KRLGKRWKLL |
KDSDKIPFIR | | EAERLRLKHM | | ADYPDYKYRP | | RKKVKSGNAN | | SSSSAAASSK |
PGEKGDKVGG | | SGGGGHGGGG | | GGGSSNAGGG | | GGGASGGGAN | | SKPAQKKSCG |
SKVAGGAGGG | | VSKPHAKLIL | | AGGGGGGKAA | | AAAAASFAAE | | QAGAAALLPL |
GAAADHHSLY | | KARTPSASAS | | ASSAASASAA | | LAAPGKHLAE | | KKVKRVYLFG |
GLGTSSSPVG | | GVGAGADPSD | | PLGLYEEEGA | | GCSPDAPSLS | | GRSSAASSPA |
AGRSPADHRG | | YASLRAASPA | | PSSAPSHASS | | SASSHSSSSS | | SSGSSSSDDE |
FEDDLLDLNP | | SSNFESMSLG | | SFSSSSALDR | | DLDFNFEPGS | | GSHFEFPDYC |
TPEVSEMISG | | DWLESSISNL | | VFTY |
Кодований геном білок за функцією належить до активаторів.
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у ядрі.
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
|
---|
|
(1) Основні домени |
---|
|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) |
|
---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) |
|
---|
| (1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) |
|
---|
| (1.4) NF-1 |
|
---|
| (1.5) RF-X |
|
---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) |
|
---|
|
| |
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) |
підродина 1 |
|
---|
| підродина 2 |
|
---|
| підродина 3 |
|
---|
| підродина 4 |
|
---|
| підродина 5 |
|
---|
| підродина 6 |
|
---|
| підродина 0 |
|
---|
|
---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 |
|
---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців |
|
---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер |
|
---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу |
|
---|
| (2.6) WRKY |
|
---|
|
| |
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
|
(3.1) Гомеобокс |
|
---|
| (3.2) Парний бокс |
|
---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль |
|
---|
| (3.4) Фактори теплового шоку |
|
---|
| (3.5) Триптофановий кластер |
|
---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер |
|
---|
|
| |
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
|
(4.1) RHR |
|
---|
| (4.2) STAT |
|
---|
| (4.3) p53 |
|
---|
| (4.4) MADS |
|
---|
| (4.6) TATA |
|
---|
| (4.7) Високомобільна група |
|
---|
| (4.9) Grainyhead |
|
---|
| (4.10) Домен холодового шоку |
|
---|
| (4.11) Runt |
|
---|
|
| |
(0) Інші фактори транскрипції |
---|
|
(0.2) HMGI(Y) |
|
---|
| (0.3) Pocket домен |
|
---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні |
|
---|
| (0.6) Інші |
|
---|
|
|
|